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ArticleNature microbiology2026

Evolution and spillover dynamics of yellow fever at the forest-urban interface in Brazil.

Juliana Telles-de-Deus, Ingra M Claro, Mayara Bertanhe, Charles Whittaker, Márcio Port-Carvalho, Esmenia C Rocha, Thaís M Coletti, Camila A M da Silva, Ian Nunes Valença, Tamara N Lima-Camara and 40 more

Abstract read
PubMed Full text at PMC Publisher
In one paragraph

Article in Nature microbiology, 2026. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 2 papers.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
2citing papers in PubMed
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

2 citing papers in PubMed.

  1. Review
  2. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

50 authors.

Juliana Telles-de-Deus *Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo, Instituto Pasteur, São Paulo, Brazil. jtelles@pasteur.saude.sp.gov.br.ORCID http://orcid.org/0000-0002-1617-7340
Ingra M Claro *Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Mayara Bertanhe *Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.ORCID http://orcid.org/0000-0002-2240-2874
Charles Whittaker *MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, School of Public Health, Imperial College London, London, UK.ORCID http://orcid.org/0000-0002-5003-2575
Márcio Port-CarvalhoConservation Biodiversity Nucleus, Environmental Research Institute, Secretariat for the Environment, Infrastructure and Logistics of São Paulo, São Paulo, Brazil.
Esmenia C RochaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.ORCID http://orcid.org/0000-0002-9692-0500
Thaís M ColettiDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Camila A M da SilvaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Ian Nunes ValençaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Tamara N Lima-CamaraDepartamento de Epidemiologia, Faculdade de Saúde Pública, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Márcia Bicudo de PaulaDepartamento de Epidemiologia, Faculdade de Saúde Pública, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Mariana S CunhaInstituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Jaqueline G de JesusDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Pâmela Dos Santos AndradeDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Victoria CoxMRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, School of Public Health, Imperial College London, London, UK.
Natalia C C F de AzevedoNúcleo de Anatomia Patológica, Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, Brazil.
Juliana M GuerraNúcleo de Anatomia Patológica, Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, Brazil.
Juliana L SummaDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Ana Paula P TeixeiraSão Paulo Municipal Department of Health, São Paulo, Brazil.
Eduardo S BergoSecretaria de Estado da Saúde de São Paulo, Instituto Pasteur, São Paulo, Brazil.
Mariza PereiraSecretaria de Estado da Saúde de São Paulo, Instituto Pasteur, São Paulo, Brazil.
Filipe R R MoreiraMRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, School of Public Health, Imperial College London, London, UK.
Alvina Clara FelixDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Anderson V de PaulaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Raissa H de Araujo EliodoroDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Marissa da Silva LimaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Franciane M de OliveiraDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Valquíria R de SouzaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Lucas A M FrancoDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Marcelo S NardiDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Thais C SanchesDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Eric T B C da SilvaDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Amanda A C CoimbraDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Paulo R Dos SantosDivisão da Fauna Silvestre, Secretaria do Verde e Meio Ambiente da Prefeitura de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Katherine Lima de GouveiaParque Estadual Alberto Löfgren, Secretaria do Meio Ambiente do Governo do Estado de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil.
Francisco E S P VilelaDivision of Infectious Diseases & Vaccinology, School of Public Health, University of California Berkeley, Berkeley, CA, USA.
Sarah C HillDepartment of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Hatfield, UK.ORCID http://orcid.org/0000-0002-2995-2596
Dilmar A G OliveiraDepartamento de Gestão da Fauna Silvestre, Coordenadoria de Fauna Silvestre, Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística do Estado de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Hélia M PiedadeDepartamento de Gestão da Fauna Silvestre, Coordenadoria de Fauna Silvestre, Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística do Estado de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Thaís Guimarães-LuizDepartamento de Gestão da Fauna Silvestre, Coordenadoria de Fauna Silvestre, Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística do Estado de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Camila M G AbreuDepartamento de Gestão da Fauna Silvestre, Coordenadoria de Fauna Silvestre, Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística do Estado de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Guilherme Casoni da RochaDepartamento de Gestão da Fauna Silvestre, Coordenadoria de Fauna Silvestre, Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística do Estado de São Paulo, São Paulo, Brazil.ORCID http://orcid.org/0000-0002-8554-7763
Leandro AbadeSt Mary's University, Twickenham London, Twickenham, UK.
William M de SouzaDepartment of Microbiology, Immunology, and Molecular Genetics, College of Medicine, University of Kentucky, Lexington, KY, USA.ORCID http://orcid.org/0000-0002-0025-8293
Ben LambertDepartment of Statistics, University of Oxford, Oxford, UK.
Renato Pereira de SouzaCentro de Laboratório Regional XII, Núcleo de Ciências Biológicas, Instituto Adolfo Lutz, Taubaté, São Paulo, Brazil.
Adriano PinterDepartamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Ester C SabinoDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
Luis Filipe MucciSecretaria de Estado da Saúde de São Paulo, Instituto Pasteur, São Paulo, Brazil. lfmucci@gmail.com.ORCID http://orcid.org/0000-0002-7766-7597
Nuno R FariaDepartamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. nfaria@ic.ac.uk.ORCID http://orcid.org/0000-0001-8839-2798

Funding

UC San Diego RAPID Faculty Development Program in Infectious DiseasesR25AI147376 · NIAID · UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN DIEGO · PI ADRIANA H TREMOULET, Joann Trejo · 2020 to 2026
$2.5M
NIAID NIH HHS R25 AI147376RCUK | Medical Research Council (MRC) MR/S0195/1RCUK | Medical Research Council (MRC) MR/X020258/1Wellcome Trust (Wellcome) 226075/Z/22/ZWellcome Trust (Wellcome) 316633/Z/24/Z
6 · The paper itself

Abstract

Yellow fever virus (YFV) continues to threaten human and wildlife populations in the Americas, yet its transmission at the forest-urban interface remains unclear. Here we integrate ground- and canopy-level mosquito surveillance, systematic monitoring of non-human primate carcasses and viral metagenomics to describe the dynamics of a sylvatic YFV outbreak in a 186-hectare Atlantic Forest fragment embedded within metropolitan São Paulo, Brazil, between 2017 and 2018. Our analyses reveal that transmission was primarily driven by a single genetic cluster introduced during a period of high abundance of the main vector, Haemagogus leucocelaenus mosquitoes. A near-complete hepatitis A virus genome was detected in a YFV-infected howler monkey, suggesting potential co-infections at the human-wildlife interface. Phylogenetic and epidemiological modelling estimated a basic reproduction number, R

Indexed as

Yellow FeverYellow fever virusAnimalsBrazilCulicidaeDisease OutbreaksForestsGenome, ViralHumansMosquito VectorsPhylogeny

Identifiers

PMID41813975
PMCPMC13056586

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Registered trials

None linked

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