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ArticleMicroorganisms2024

Retrospective Analysis of Omicron in Minas Gerais, Brazil: Emergence, Dissemination, and Diversification.

Paula Luize Camargos Fonseca, Isabela Braga-Paz, Luiza Campos Guerra de Araújo E Santos, Rillery Calixto Dias, Carolina Senra Alves de Souza, Nara Oliveira Carvalho, Daniel Costa Queiroz, Hugo José Alves, João Locke Ferreira de Araújo, Filipe Romero Rebello Moreira and 24 more

Abstract read
PubMed Full text at PMC Publisher
In one paragraph

Article in Microorganisms, 2024. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Not yet cited in PubMed.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
0citing papers in PubMed
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

0 citing papers in PubMed.

No citing paper in PubMed yet.

4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

34 authors.

Paula Luize Camargos FonsecaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-8103-9235
Isabela Braga-PazLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Luiza Campos Guerra de Araújo E SantosLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Rillery Calixto DiasLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Carolina Senra Alves de SouzaSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
Nara Oliveira CarvalhoNúcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 30130-100, Brazil.ORCID 0000-0002-4564-2045
Daniel Costa QueirozLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-6607-8818
Hugo José AlvesLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
João Locke Ferreira de AraújoLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-9469-9673
Filipe Romero Rebello MoreiraDepartamento de Genetica, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-902, Brazil.
Mariane Talon MenezesDepartamento de Genetica, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-902, Brazil.ORCID 0000-0002-1042-2990
Diego MenezesLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-9603-455X
Aryel Beatriz Paz E SilvaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Jorge Gomes Goulart FerreiraLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Talita Emile Ribeiro AdelinoFundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
André Felipe Leal BernardesFundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Natália Virtude CarobinLaboratório Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, Laboratório de Hematologia Clínica, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Renée Silva CarvalhoSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
Carolina Zaniboni FerrariSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.ORCID 0000-0001-8817-4774
Natália Rocha GuimarãesFundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Ludmila Oliveira LamounierFundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Fernanda Gil SouzaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Luisa Aimeé VargasSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
Marisa de Oliveira RibeiroInstitute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil.
Monica Barcellos ArrudaInstitute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil.
Patricia AlvarezInstitute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil.
Rennan Garcias MoreiraLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Eneida Santos de OliveiraSecretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-012, Brazil.
Adriano de Paula SabinoLaboratório Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, Laboratório de Hematologia Clínica, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-8562-8689
Jaqueline Silva de OliveiraSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
José Nélio JanuárioNúcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 30130-100, Brazil.
Felipe Campos de Melo IaniFundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Renan Pedra de SouzaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-9479-4432
Renato Santana AguiarLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-5180-3717

Funding

CAPES 001CNPq 315592/2021-4, INCT-One CNPq 405786/2022-0FAPEMIG APQ-02826-24; 001/2024; BPD-00820-2FINEP 0494/20 01.20.0026.00Instituto Todos pela Saúde - ITpS C1294; C2024-0779, A113Laboratórios de Campanha MCTI/FINEP 0494/20; 01.20.0026.00Rede Corona-ômica BR MCTI/FINEP affiliated with RedeVírus/MCTI 01.22.0074.00
6 · The paper itself

Abstract

Brazil is one of the countries most affected by COVID-19, with the highest number of deaths recorded. Brazilian Health Institutions have reported four main peaks of positive COVID-19 cases. The last two waves were characterized by the emergence of the VOC Omicron and its sublineages. This study aimed to conduct a retrospective surveillance study illustrating the emergence, dissemination, and diversification of the VOC Omicron in 15 regional health units (RHUs) in MG, the second most populous state in Brazil, by combining epidemiological and genomic data. A total of 5643 confirmed positive COVID-19 samples were genotyped using the panels TaqMan SARS-CoV-2 Mutation and 4Plex SC2/VOC Bio-Manguinhos to define mutations classifying the BA.1, BA.2, BA.4, and BA.5 sublineages. While sublineages BA.1 and BA.2 were more prevalent during the third wave, BA.4 and BA.5 dominated the fourth wave in the state. Epidemiological and viral genome data suggest that age and vaccination with booster doses were the main factors related to clinical outcomes, reducing the number of deaths, irrespective of the Omicron sublineages. Complete genome sequencing of 253 positive samples confirmed the circulation of the BA.1, BA.2, BA.4, and BA.5 subvariants, and phylogenomic analysis demonstrated that the VOC Omicron was introduced through multiple international events, followed by transmission within the state of MG. In addition to the four subvariants, other lineages have been identified at low frequency, including BQ.1.1 and XAG. This integrative study reinforces that the evolution of Omicron sublineages was the most significant factor driving the highest peaks of positive COVID-19 cases without an increase in more severe cases, prevented by vaccination boosters.

Indexed as

epidemiological scenariogenomic surveillanceSARS-CoV-2subvariantsVOC Omicron

Identifiers

PMID39338420
PMCPMC11434267

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