ArticleNature communications2023
Increased interregional virus exchange and nucleotide diversity outline the expansion of chikungunya virus in Brazil.
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What it found
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The trial behind it
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Who cites it
23 citing papers in PubMed, 25 citations in OpenAlex.
- Nanopore Sequencing for Chikungunya Virus: Principles and Application.Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) · 2027Article
- Arbovirus co-circulation and epidemiological convergence in a changing climate: challenges for surveillance, diagnosis and public health preparedness.Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] · 2026Review
- Detection and genomic characterization of a travel-associated ECSA lineage chikungunya virus infection in Mexico.ASM case reports · 2026Article
- Genetic diversity of the Chikungunya virus E2 gene may have implications for the design of vaccines and therapeutic antibodies.Virus genes · 2026Article
- Analytical and Clinical Evaluation of the STANDARD M10 Arbovirus Panel for Dengue Detection, Serotyping, and Multiplex Arboviral Screening in the Americas.Diagnostics (Basel, Switzerland) · 2026Article
- Tracing the evolutionary and spatial dynamics of the 2022-2023 chikungunya outbreak in Paraguay and its regional spread across the Southern Cone.IJID regions · 2026Article
- Phylogenetic insights into the transmission dynamics of arthropod-borne viruses.Nature reviews. Genetics · 2026Review
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- Uncovering DENV, CHIKV, and ZIKV in Urban Wastewater in Brazil Through Genomic and Molecular Screening.Microorganisms · 2025Article
- Revisiting the emergence of the Chikungunya virus in Alagoas, Northeast of Brazil.Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] · 2025Article
- Clinical and molecular epidemiology of chikungunya outbreaks during 2019-2022 in India.Scientific reports · 2025Article
- ExploitingPathogens (Basel, Switzerland) · 2025Review
- Global Transmission and Evolution of Chikungunya Virus: Origins, Adaptive Mutations, and Intercontinental Spread of the Three Genotypes.Transboundary and emerging diseases · 2025Article
- Entomological surveillance during a major CHIKV outbreak in northwestern São Paulo: insights from São José do Rio Preto.medRxiv : the preprint server for health sciences · 2024Article
- Tracing the evolution of the chikungunya virus in Argentina, 2016-2023: independent introductions and prominence of Latin American lineages.Emerging microbes & infections · 2024Article
- Review
- Retrospective epidemiologic and genomic surveillance of arboviruses in 2023 in Brazil reveals high co-circulation of chikungunya and dengue viruses.BMC medicine · 2024Article
- Article
- Detection of encephalitis-causing viruses reveals predominance of chikungunya virus in the state of Bahia, Brazil.International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases · 2024Article
- Exploring the Chikungunya virus landscape in a dengue-endemic Brazilian area.Journal of infection and public health · 2024Article
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Authors and funding
97 authors at 18 institutions in 3 countries.
Joilson Xavier *Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.ORCID 0000-0003-3916-2018
Luiz Carlos Junior Alcantara *Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br.
Vagner Fonseca *Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil.ORCID 0000-0001-5521-6448
Mauricio LimaInstituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.
Emerson CastroInstituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.
Hegger FritschInstituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.ORCID 0000-0002-1997-5786
Carla OliveiraInstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.ORCID 0000-0002-0829-036X
Natalia GuimarãesLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil.
Talita AdelinoLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil.
Mariane EvaristoFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Evandra S RodriguesFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Elaine Vieira SantosFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Debora de La-RoqueFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Laise de MoraesInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil.ORCID 0000-0001-9095-5860
Stephane TostaInstituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.
Adelino NetoLaboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Piauí, Brazil.
Alexander RosewellOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil.
Ana Flavia MendonçaLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil.
Anderson LeiteLaboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Maceió, Brazil.
Andreza VasconcelosLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.ORCID 0000-0002-2433-6997
Arabela L Silva de MelloLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.
Bergson VasconcelosLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil.
Camila A MontalbanoUniversidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
Camila ZanlucaInstituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Curitiba, Brazil.ORCID 0000-0001-7350-9105
Carla FreitasCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Carlos F C de AlbuquerqueOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil.ORCID 0000-0003-0581-5535
Claudia Nunes Duarte Dos SantosInstituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Curitiba, Brazil.
Cleiton S SantosInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil.
Cliomar Alves Dos SantosLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil.
Crhistinne C Maymone GonçalvesSecretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
Dalane TeixeiraLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil.
Daniel F L NetoCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Diego CabralLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Elaine C de OliveiraLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.
Ethel L Noia MacielSecretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Felicidade Mota PereiraLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.ORCID 0000-0002-6938-161X
Felipe IaniLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil.
Fernanda P de CarvalhoLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.ORCID 0000-0002-1523-9036
Gabriela AndradeLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.
Gabriela BezerraLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil.
Gislene G de Castro LichsLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
Glauco Carvalho PereiraLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil.
Haline BarrosoLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil.
Helena Cristina Ferreira FranzCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Hivylla FerreiraLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil.ORCID 0000-0002-7822-3410
Iago GomesLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil.
Irina N RiedigerLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil.
Isabela RodriguesLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil.
Isadora C de SiqueiraInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil.ORCID 0000-0002-2520-4099
Jacilane SilvaLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Jairo Mendez RicoPan American Health Organization, Washington, USA.
Jaqueline LimaLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.
Jayra AbrantesLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil.
Jean Phellipe M do NascimentoLaboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Maceió, Brazil.ORCID 0000-0002-2383-4871
Judith N WasserheitDepartment of Global Health and Medicine, University of Washington, Washington, USA.ORCID 0000-0003-0408-446X
Julia PastorLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Jurandy J F de MagalhãesLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Kleber Giovanni LuzUniversidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil.ORCID 0000-0003-3025-0660
Lidio G Lima NetoLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil.
Livia C V FrutuosoCoordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.ORCID 0000-0001-7926-1075
Luana Barbosa da SilvaLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.
Ludmila SenaLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil.
Luis Arthur F de SousaLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil.ORCID 0000-0002-7121-1417
Luiz Augusto PereiraLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil.ORCID 0000-0002-2670-8512
Luiz DemarchiLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
Magaly C B CâmaraLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil.
Marcela G AsteteLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.
Maria AlmironPan American Health Organization, Washington, USA.
Maricelia LimaUniversidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil.
Marina C S Umaki ZardinLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
Mayra M PresibellaLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil.
Melissa B FalcãoSecretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil.
Michael GaleDepartment of Immunology, University of Washington, Washington, USA.ORCID 0000-0002-6332-7436
Naishe FreireLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Nelson MarquesLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil.
Noely F O de MouraCoordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Pedro E Almeida Da SilvaSecretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Peter RabinowitzDepartment of Environmental and Occupational Health Sciences, University of Washington, Washington, USA.ORCID 0000-0002-6873-0208
Rivaldo V da CunhaFundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Rio de Janeiro, Brazil.
Karen S TrintaFundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Rio de Janeiro, Brazil.
Rodrigo F do Carmo SaidOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil.
Rodrigo KatoCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.ORCID 0000-0002-9046-1702
Rodrigo StabeliOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil.
Ronaldo de JesusCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil.
Roselene Hans SantosLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.
Simone KashimaFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Svetoslav N SlavovFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.
Tamires AndradeLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil.
Themis RochaLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil.
Thiago CarneiroLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil.ORCID 0000-0002-9045-2806
Vanessa NardyLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil.
Vinicius da SilvaLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil.
Walterlene G CarvalhoLaboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Piauí, Brazil.
Wesley C Van VoorhisDepartment of Medicine, University of Washington, Washington, USA.
Wildo N AraujoPan American Health Organization, Washington, USA.
Ana M B de FilippisInstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil. ana.bispo@ioc.fiocruz.br.ORCID 0000-0002-9815-9022
Marta GiovanettiInstituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil. giovanetti.marta@gmail.com.ORCID 0000-0002-5849-7326
Secretaria da Saúde · BRMinistério da Saúde · BRSecretaria de Educação de Pernambuco · BRFundação Oswaldo Cruz · BREzequiel Dias Foundation · BRFundação Hemopa · BRPan American Health Organization (Brasil) · BRUniversidade Federal de Minas Gerais · BRUniversity of Washington · USFundação Carlos Chagas · BRFundação de Apoio a Pesquisa do Estado de Goiás · BRUniversidade Estadual de Feira de Santana · BRWorld Health Organization Regional Office for the Americas · USUniversidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas · BRUniversidade Estadual do Piauí · BRInstituto Butantan · BRUniversidade Federal de Mato Grosso do Sul · BRUniversidade Federal do Rio Grande do Norte · BR
Funding
University of Washington Arboviral Research Network (UWARN)U01AI151698 · NIAID · UNIVERSITY OF WASHINGTON · PI Michael Gale, PETER MACGARR RABINOWITZ · 2020 to 2026
$13.3MNIAID NIH HHS U01 AI151698
Abstract
The emergence and reemergence of mosquito-borne diseases in Brazil such as yellow fever, zika, chikungunya, and dengue have had serious impacts on public health. Concerns have been raised due to the rapid dissemination of the chikungunya virus across the country since its first detection in 2014 in Northeast Brazil. In this work, we carried out on-site training activities in genomic surveillance in partnership with the National Network of Public Health Laboratories that have led to the generation of 422 chikungunya virus genomes from 12 Brazilian states over the past two years (2021-2022), a period that has seen more than 312 thousand chikungunya fever cases reported in the country. These genomes increased the amount of available data and allowed a more comprehensive characterization of the dispersal dynamics of the chikungunya virus East-Central-South-African lineage in Brazil. Tree branching patterns revealed the emergence and expansion of two distinct subclades. Phylogeographic analysis indicated that the northeast region has been the leading hub of virus spread towards other regions. Increased frequency of C > T transitions among the new genomes suggested that host restriction factors from the immune system such as ADAR and AID/APOBEC deaminases might be driving the genetic diversity of the chikungunya virus in Brazil.
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Chikungunya FeverChikungunya virusYellow FeverZika VirusZika Virus InfectionAnimalsBrazilHumansNucleotidesNucleotides
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