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ArticlemedRxiv : the preprint server for health sciences2023

Increased interregional virus exchange and nucleotide diversity outline the expansion of the chikungunya virus ECSA lineage in Brazil.

Joilson Xavier, Luiz Alcantara, Vagner Fonseca, Mauricio Lima, Emerson Castro, Hegger Fritsch, Carla Oliveira, Natalia Guimarães, Talita Adelino, Mariane Evaristo and 87 more

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In one paragraph

Article in medRxiv : the preprint server for health sciences, 2023. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Not yet cited in PubMed.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
0citing papers in PubMed
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

0 citing papers in PubMed, 0 citations in OpenAlex.

No citing paper in PubMed yet.

4 · The record

Corrections and comments

5 · Who and what money

Authors and funding

97 authors at 16 institutions in 3 countries.

Joilson XavierInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Luiz AlcantaraInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Vagner FonsecaOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brazil.
Mauricio LimaInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Emerson CastroInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Hegger FritschInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Carla OliveiraInstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
Natalia GuimarãesLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Brazil.
Talita AdelinoLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Brazil.
Mariane EvaristoFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Evandra S RodriguesFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Elaine Vieira SantosFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Debora de La-RoqueFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Laise de MoraesInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Bahia, Brazil.
Stephane TostaInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Adelino NetoLaboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Brazil.
Alexander RosewellOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brazil.
Ana Flavia MendonçaLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Brazil.
Anderson LeiteLaboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Brazil.
Andreza VasconcelosLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Arabela L Silva de MelloLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Bergson VasconcelosLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, Brazil.
Camila A MontalbanoUniversidade Federal de Mato Grosso do Sul.
Camila ZanlucaInstituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Paraná, Brazil.
Carla FreitasCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brazil.
Carlos F C de AlbuquerqueOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brazil.
Claudia Nunes Duarte Dos SantosInstituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Paraná, Brazil.
Cleiton S SantosInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Bahia, Brazil.
Cliomar Alves Dos SantosLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Brazil.
Crhistinne C Maymone GonçalvesSecretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul, Brazil.
Dalane TeixeiraLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, Brazil.
Daniel F L NetoCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brazil.
Diego CabralLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Elaine C de OliveiraLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Brazil.
Ethel L Noia MacielSecretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brazil.
Felicidade Mota PereiraLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Felipe IaniLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Brazil.
Fernanda P de CarvalhoLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Gabriela AndradeLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Gabriela BezerraLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Brazil.
Gislene G de Castro LichsLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Brazil.
Glauco Carvalho PereiraLaboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Brazil.
Haline BarrosoLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, Brazil.
Helena Cristina Ferreira FranzCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brazil.
Hivylla FerreiraLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, Brazil.
Iago GomesLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Brazil.
Irina N RiedigerLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Brazil.
Isabela RodriguesLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Brazil.
Isadora C de SiqueiraInstituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Bahia, Brazil.
Jacilane SilvaLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Jairo Mendez RicoPan American Health Organization, Washington, USA.
Jaqueline LimaLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Jayra AbrantesLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Brazil.
Jean Phellipe M do NascimentoLaboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Brazil.
Judith N WasserheitDepartment of Global Health and Medicine, University of Washington, USA.
Julia PastorLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Jurandy J F de MagalhãesLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Kleber Giovanni LuzUniversidade Federal do Rio Grande do Norte.
Lidio G Lima NetoLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, Brazil.
Livia C V FrutuosoCoordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brazil.
Luana Barbosa da SilvaLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Brazil.
Ludmila SenaLaboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Brazil.
Luis Arthur F de SousaLaboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, Brazil.
Luiz Augusto PereiraLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Brazil.
Luiz DemarchiLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Brazil.
Magaly C B CâmaraLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Brazil.
Marcela G AsteteLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Maria AlmironPan American Health Organization, Washington, USA.
Maricelia LimaUniversidade Estadual de Feira de Santana, Brazil.
Marina C S Umaki ZardinLaboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Brazil.
Mayra M PresibellaLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Brazil.
Melissa B FalcãoSecretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Bahia, Brazil.
Michael GaleDepartment of Immunology, University of Washington, USA.
Naishe FreireLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Nelson MarquesLaboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Brazil.
Noely F O de MouraCoordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brazil.
Pedro E Almeida Da SilvaSecretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brazil.
Peter RabinowitzDepartment of Environmental and Occupational Health Sciences, University of Washington, USA.
Rivaldo V da CunhaFundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Brazil.
Karen S TrintaFundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Brazil.
Rodrigo F do Carmo SaidOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brazil.
Rodrigo KatoCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brazil.
Rodrigo StabeliOrganização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brazil.
Ronaldo de JesusCoordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brazil.
Roselene Hans SantosLaboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Brazil.
Simone K HaddadFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Svetoslav N SlavovFundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Brazil.
Tamires AndradeLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, Brazil.
Themis RochaLaboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Brazil.
Thiago CarneiroLaboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, Brazil.
Vanessa NardyLaboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Brazil.
Vinicius da SilvaLaboratório Central de Saúde Pública de Goias, Brazil.
Walterlene G CarvalhoLaboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Brazil.
Wesley C Van VoorhisDepartment of Medicine, University of Washington, USA.
Wildo N AraujoPan American Health Organization, Washington, USA.
Ana M B de FilippisInstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
Marta GiovanettiInstituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.
Secretaria da Saúde · BRMinistério da Saúde · BRSecretaria de Educação de Pernambuco · BRFundação Oswaldo Cruz · BREzequiel Dias Foundation · BRFundação Hemopa · BRPan American Health Organization (Brasil) · BRUniversidade Federal de Minas Gerais · BRUniversity of Washington · USFundação Carlos Chagas · BRUniversidade Estadual de Feira de Santana · BRWorld Health Organization Regional Office for the Americas · USUniversidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas · BRInstituto Butantan · BRUniversidade Federal de Mato Grosso do Sul · BRUniversidade Federal do Rio Grande do Norte · BR

Funding

University of Washington Arboviral Research Network (UWARN)U01AI151698 · NIAID · UNIVERSITY OF WASHINGTON · PI Michael Gale, PETER MACGARR RABINOWITZ · 2020 to 2026
$13.3M
NIAID NIH HHS U01 AI151698
6 · The paper itself

Abstract

The emergence and reemergence of mosquito-borne diseases in Brazil such as Yellow Fever, Zika, Chikungunya, and Dengue have had serious impacts on public health. Concerns have been raised due to the rapid dissemination of the chikungunya virus (CHIKV) across the country since its first detection in 2014 in Northeast Brazil. Faced with this scenario, on-site training activities in genomic surveillance carried out in partnership with the National Network of Public Health Laboratories have led to the generation of 422 CHIKV genomes from 12 Brazilian states over the past two years (2021-2022), a period that has seen more than 312 thousand chikungunya fever cases reported in the country. These new genomes increased the amount of available data and allowed a more comprehensive characterization of the dispersion dynamics of the CHIKV East-Central-South-African (ECSA) lineage in Brazil. Tree branching patterns revealed the emergence and expansion of two distinct subclades. Phylogeographic analysis indicated that the northeast region has been the leading hub of virus spread towards other regions. Increased frequency of C>T transitions among the new genomes suggested that host restriction factors from the immune system such as ADAR and AID/APOBEC deaminases might be driving CHIKV ECSA lineage genetic diversity in Brazil.

Identifiers

PMID37034611
PMCPMC10081416
OpenAlexW4361228239

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