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ArticleViruses2022

Monitoring the Establishment of VOC Gamma in Minas Gerais, Brazil: A Retrospective Epidemiological and Genomic Surveillance Study.

Hugo José Alves, João Locke Ferreira de Araújo, Paula Luize Camargos Fonseca, Filipe Romero Rebello Moreira, Diego Menezes Bonfim, Daniel Costa Queiroz, Lucyene Miguita, Rafael Marques de Souza, Victor Emmanuel Viana Geddes, Walyson Coelho Costa and 30 more

Abstract read
In one paragraph

Article in Viruses, 2022. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 3 papers, 1 of them a synthesis that pooled it.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
3citing papers in PubMed, 1 pooled it
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

3 citing papers in PubMed, 1 synthesis or guideline pooled it.

  1. Pooled it
  2. Article
  3. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

40 authors.

Hugo José AlvesLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
João Locke Ferreira de AraújoLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-9469-9673
Paula Luize Camargos FonsecaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-8103-9235
Filipe Romero Rebello MoreiraLaboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil.
Diego Menezes BonfimLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-9603-455X
Daniel Costa QueirozLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-6607-8818
Lucyene MiguitaDepartamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Rafael Marques de SouzaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-6863-7970
Victor Emmanuel Viana GeddesLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Walyson Coelho CostaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-4178-0387
Jaqueline Silva de OliveiraSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
Eva Lídia Arcoverde MedeirosSubsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
Carolina Senra Alves de SouzaPan American Health Organization-PAHO, Brasilia 70312-970, Brazil.
Juliana Wilke SalibaPan American Health Organization-PAHO, Brasilia 70312-970, Brazil.
André Luiz MenezesSecretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-040, Brazil.ORCID 0000-0002-0358-6161
Eneida Santos de OliveiraSecretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-040, Brazil.
Talita Emile Ribeiro AdelinoFundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Natalia Rocha GuimaraesFundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Adriana Aparecida RibeiroFundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
Rennan Garcias MoreiraCentro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Danielle Alves Gomes ZauliInstituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
Joice do Prado SilvaInstituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.ORCID 0000-0001-9553-4328
Frederico Scott Varella MaltaInstituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.ORCID 0000-0001-9495-0987
Alessandro Clayton de Souza FerreiraLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Ana Valesca Fernandes Gilson SilvaEscola de Saúde Pública de Betim, Secretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Betim, Betim 32600-412, Brazil.
Poliane Alfenas-ZerbiniLaboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa 36570-900, Brazil.
Flavia Oliveira de SouzaLaboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa 36570-900, Brazil.ORCID 0000-0002-5713-1007
Adriano de Paula SabinoLaboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-8562-8689
Laura do Amaral XavierLaboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Natália Virtude CarobinLaboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Alex Fiorini de CarvalhoCentro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
Karine Lima LourençoCentro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.ORCID 0000-0001-6090-4253
Santuza Maria Ribeiro TeixeiraCentro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
Ana Paula Salles Moura FernandesCentro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
Flavio Guimarães da FonsecaCentro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.ORCID 0000-0002-1416-8694
Jônatas Santos AbrahãoLaboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31279-901, Brazil.ORCID 0000-0001-9420-1791
Felipe Campos de Melo IaniFundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.ORCID 0000-0002-3629-8529
Rodrigo Araújo Lima RodriguesLaboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31279-901, Brazil.ORCID 0000-0001-7148-4012
Renan Pedra de SouzaLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0002-9479-4432
Renato Santana AguiarLaboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.ORCID 0000-0001-5180-3717

Funding

World Health Organization 001
6 · The paper itself

Abstract

Since its first identification in Brazil, the variant of concern (VOC) Gamma has been associated with increased infection and transmission rates, hospitalizations, and deaths. Minas Gerais (MG), the second-largest populated Brazilian state with more than 20 million inhabitants, observed a peak of cases and deaths in March-April 2021. We conducted a surveillance study in 1240 COVID-19-positive samples from 305 municipalities distributed across MG's 28 Regional Health Units (RHU) between 1 March to 27 April 2021. The most common variant was the VOC Gamma (71.2%), followed by the variant of interest (VOI) zeta (12.4%) and VOC alpha (9.6%). Although the predominance of Gamma was found in most of the RHUs, clusters of Zeta and Alpha variants were observed. One Alpha-clustered RHU has a history of high human mobility from countries with Alpha predominance. Other less frequent lineages, such as P.4, P.5, and P.7, were also identified. With our genomic characterization approach, we estimated the introduction of Gamma on 7 January 2021, at RHU Belo Horizonte. Differences in mortality between the Zeta, Gamma and Alpha variants were not observed. We reinforce the importance of vaccination programs to prevent severe cases and deaths during transmission peaks.

Indexed as

COVID-19BrazilGenomicsHumansRetrospective StudiesSARS-CoV-2genome sequencingPCR-genotypingphylodinamicsSARS-CoV-2 spreadvariants

Identifiers

PMID36560750
PMCPMC9781153

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