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ArticleBrazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology]2022

SARS-CoV-2 Omicron BA.1, BA.2, and XAG identification during routine surveillance on a university campus in Belo Horizonte, Brazil, 2022.

Daniel Costa Queiroz, Natália Virtude Carobin, Luiza Campos Guerra de Araújo E Santos, Paula Luize Camargos Fonseca, Isabela Lorraine Braga-Paz, Rillery Calixto Dias, Jorge Gomes Goulart Ferreira, Túlio Resende Freitas, Diego Menezes, Sílvia Cristina Verde Mendes Nolasco and 7 more

Abstract read
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In one paragraph

Article in Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology], 2022. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 6 papers, 1 of them a synthesis that pooled it.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
6citing papers in PubMed, 1 pooled it
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

6 citing papers in PubMed, 1 synthesis or guideline pooled it.

  1. Pooled it
  2. Article
  3. Article
  4. Article
  5. Article
  6. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

17 authors.

Daniel Costa Queiroz *Laboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Natália Virtude Carobin *Laboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Luiza Campos Guerra de Araújo E SantosLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Paula Luize Camargos FonsecaLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Isabela Lorraine Braga-PazLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Rillery Calixto DiasLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Jorge Gomes Goulart FerreiraLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Túlio Resende FreitasLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Diego MenezesLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Sílvia Cristina Verde Mendes NolascoLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Simone Rodrigues RibeiroLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Thaís Salviana RibeiroLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Laura do Amaral XavierLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Karina Braga GomesLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil.
Adriano de Paula SabinoLaboratório Institucional de Pesquisa Em Biomarcadores Laboratório de Hematologia Clínica Departamento de Análises Clínicas E Toxicológicas Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Av. Antônio Carlos, 6627 ICB - Pampulha, Minas Gerais, 31270901, Belo Horizonte, Brazil. adriansabin01@gmail.com.
Renato Santana de AguiarLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil. santanarnt@gmail.com.
Renan Pedra de SouzaLaboratório de Biologia Integrativa Departamento de Genética Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil. renanpedra@gmail.com.ORCID http://orcid.org/0000-0002-9479-4432

Funding

No grant is acknowledged in the PubMed record.

6 · The paper itself

Abstract

We report SARS-CoV-2 genomic surveillance results between Belo Horizonte, Brazil's third and fourth case waves. Samples were obtained through a routine university monitoring COVID-19 program from the 9th to the 22nd epidemiological weeks (March and June 2022). We identified ten samples from the BA.1 clade (BA.1, BA.1.1, and BA.1.14.1 lineages) and 45 samples from the BA.2 clade (BA.2, BA.2.56, BA.2.9, BA.2.62, BA.2.23, BA.2.81, and BA.2.10). We observed progressive replacement of the BA.1 by the BA.2 clade. Furthermore, two XAG recombinants were found in the 22nd week. Diversification of the omicron variant seems to have contributed to the resurgence of cases in Belo Horizonte, similarly to what has been reported in South Africa.

Indexed as

COVID-19SARS-CoV-2BrazilHumansUniversitiesGenomic surveillancePhylogenyRecombinant variantVariants of concernViral evolution

Identifiers

PMID36272063
PMCPMC9589559

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Registered trials

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