ArticleCommunications medicine2022
Impact of SARS-CoV-2 Gamma lineage introduction and COVID-19 vaccination on the epidemiological landscape of a Brazilian city.
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Article in Communications medicine, 2022. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 39 papers, 2 of them syntheses that pooled it.
0numbers the graph read from it
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39citing papers in PubMed, 2 pooled it
5.8field-weighted citation impact, top 3% of its field
What it found
Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.
The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.
The trial behind it
Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.
Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.
Who cites it
39 citing papers in PubMed, 2 syntheses or guidelines pooled it, 59 citations in OpenAlex.
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Corrections and comments
PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.
Authors and funding
35 authors at 7 institutions in 2 countries.
Cecília Artico Banho *Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Lívia Sacchetto *Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0001-9716-6899
Guilherme Rodrigues Fernandes CamposLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0003-1118-8486
Cíntia BittarLaboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Fábio Sossai PossebonInstituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0002-0118-6164
Leila Sabrina UllmannInstituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.
Beatriz de Carvalho MarquesLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Gislaine Ceslestino Dutra da SilvaLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Marília Mazzi MoraesLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Maisa Carla Pereira ParraLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Andreia Francesli NegriDepartamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Ana Carolina BoldrinDepartamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Michela Dias BarcelosDepartamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Thayza M I L Dos SantosLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Bruno H G A MilhimLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Leonardo Cecílio RochaLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Fernanda Simões DouradoLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Andresa Lopes Dos SantosLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Victoria Bernardi CiconiLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Caio PatutoLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Alice Freitas VersianiLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0003-1378-5380
Rafael Alves da SilvaLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Edoardo Estevam de Oliveira LoblLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Victor Miranda HernandesLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Nathalia ZiniLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Carolina Colombelli PaccaLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
Cássia Fernanda EstofoleteLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0001-7324-1591
Helena Lage FerreiraLaboratório de Medicina Veterinária Preventiva Aplicada, Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo Brazil.
Paula RahalLaboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
João Pessoa AraújoInstituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.
Jamie A CohenInstitute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.ORCID 0000-0002-8479-1860
Cliff C KerrInstitute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.ORCID 0000-0003-2517-2354
Benjamin M AlthouseInstitute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.ORCID 0000-0002-5464-654X
Nikos VasilakisDepartment of Pathology, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.ORCID 0000-0002-0708-3289
Mauricio Lacerda NogueiraLaboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.ORCID 0000-0003-1102-2419
Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto · BRUniversidade Estadual Paulista (Unesp) · BRGoverno do Estado de São Paulo · BRGates Foundation · USNew Mexico State University · USThe University of Texas Medical Branch at Galveston · USUniversidade de São Paulo · BR
Funding
Coordinating Research on Emerging Arboviral Threats Encompassing the Neotropics II (CREATE-NEO II)U01AI151807 · NIAID · UNIVERSITY OF TEXAS MED BR GALVESTON · PI Kathryn Alyce Hanley, MAURICIO Lacerda NOGUEIRA · 2020 to 2026
$9.8MNIAID NIH HHS U01 AI151807
Abstract
Background: The emergence of the Brazilian variant of concern, Gamma lineage (P.1), impacted the epidemiological profile of COVID-19 cases due to its higher transmissibility rate and immune evasion ability. Methods: We sequenced 305 SARS-CoV-2 whole-genomes and performed phylogenetic analyses to identify introduction events and the circulating lineages. Additionally, we use epidemiological data of COVID-19 cases, severe cases, and deaths to measure the impact of vaccination coverage and mortality risk. Results: Here we show that Gamma introduction in São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil, was followed by the displacement of seven circulating SARS-CoV-2 variants and a rapid increase in prevalence two months after its first detection in January 2021. Moreover, Gamma variant is associated with increased mortality risk and severity of COVID-19 cases in younger age groups, which corresponds to the unvaccinated population at the time. Conclusions: Our findings highlight the beneficial effects of vaccination indicated by a pronounced reduction of severe cases and deaths in immunized individuals, reinforcing the need for rapid and massive vaccination.
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EpidemiologyViral infection
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