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ArticleFrontiers in microbiology2022

HIV-1-Transmitted Drug Resistance and Transmission Clusters in Newly Diagnosed Patients in Portugal Between 2014 and 2019.

Marta Pingarilho, Victor Pimentel, Mafalda N S Miranda, Ana Rita Silva, António Diniz, Bianca Branco Ascenção, Carmela Piñeiro, Carmo Koch, Catarina Rodrigues, Cátia Caldas and 46 more

Abstract read
In one paragraph

Article in Frontiers in microbiology, 2022. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 6 papers, 1 of them a synthesis that pooled it.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
6citing papers in PubMed, 1 pooled it
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

6 citing papers in PubMed, 1 synthesis or guideline pooled it.

  1. Pooled it
  2. Article
  3. Article
  4. Article
  5. Article
  6. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

56 authors.

Marta PingarilhoGlobal Health and Tropical Medicine (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Lisbon, Portugal.
Victor PimentelGlobal Health and Tropical Medicine (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Lisbon, Portugal.
Mafalda N S MirandaGlobal Health and Tropical Medicine (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Lisbon, Portugal.
Ana Rita SilvaServiço de Infeciologia, Hospital Beatriz Ângelo, Loures, Portugal.
António DinizUnidade de Imunodeficiência, Centro Hospitalar Universitário Lisboa Norte - HPV, Lisbon, Portugal.
Bianca Branco AscençãoServiço de Infeciologia, Centro Hospitalar de Setúbal, Setúbal, Portugal.
Carmela PiñeiroServiço de Doenças Infeciosas, Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Carmo KochCentro de Biologia Molecular, Serviço de Imunohemoterapia do Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Catarina RodriguesServiço de Medicina, Hospital de São José, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Cátia CaldasServiço de Doenças Infeciosas, Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Célia MoraisServiço de Patologia Clínica, Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra, Coimbra, Portugal.
Domitília FariaServiço de Medicina, Hospital de Portimão, Centro Hospitalar Universitário do Algarve, Portimão, Portugal.
Elisabete Gomes da SilvaUnidade Local de Saúde do Baixo Alentejo, Hospital José Joaquim Fernandes, Beja, Portugal.
Eugénio TeófiloServiço de Medicina, Hospital de Santo António dos Capuchos, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Fátima MonteiroCentro de Biologia Molecular, Serviço de Imunohemoterapia do Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Fausto RoxoHospital de Dia de Doenças Infeciosas, Hospital Distrital de Santarém, Santarém, Portugal.
Fernando MaltezServiço de Doenças Infeciosas, Hospital de Curry Cabral, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Fernando RodriguesServiço de Patologia Clínica, Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra, Coimbra, Portugal.
Guilhermina GaiãoServiço de Patologia Clínica, Hospital de Santa Maria, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Norte, Lisbon, Portugal.
Helena RamosServiço de Patologia Clínica, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal.
Inês CostaLaboratório de Biologia Molecular (LMCBM, SPC, CHLO-HEM), Lisbon, Portugal.
Isabel GermanoServiço de Medicina, Hospital de São José, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Joana SimõesServiço de Medicina, Hospital de São José, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Joaquim OliveiraServiço de Doenças, Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra, Coimbra, Portugal.
José FerreiraServiço de Medicina, Hospital de Faro, Centro Hospitalar Universitário do Algarve, Faro, Portugal.
José PoçasServiço de Infeciologia, Centro Hospitalar de Setúbal, Setúbal, Portugal.
José Saraiva da CunhaServiço de Doenças, Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra, Coimbra, Portugal.
Jorge SoaresServiço de Doenças Infeciosas, Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Júlia HenriquesLaboratório de Biologia Molecular (LMCBM, SPC, CHLO-HEM), Lisbon, Portugal.
Kamal MansinhoServiço de Doenças Infeciosas, Hospital de Egas Moniz, Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental, Lisbon, Portugal.
Liliana PedroServiço de Medicina, Hospital de Portimão, Centro Hospitalar Universitário do Algarve, Portimão, Portugal.
Maria João AleixoServiço de Infeciologia, Hospital Garcia da Orta, Almada, Portugal.
Maria João GonçalvesServiço de Infeciologia, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal.
Maria José ManataServiço de Doenças Infeciosas, Hospital de Curry Cabral, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Margarida MouroServiço de Infeciologia, Hospital de Aveiro, Centro Hospitalar Baixo Vouga, Aveiro, Portugal.
Margarida SerradoUnidade de Imunodeficiência, Centro Hospitalar Universitário Lisboa Norte - HPV, Lisbon, Portugal.
Micaela CaixeiroServiço de Infeciologia, Hospital Professor Doutor Fernando da Fonseca, Amadora, Portugal.
Nuno MarquesServiço de Infeciologia, Hospital Garcia da Orta, Almada, Portugal.
Olga CostaServiço de Patologia Clínica, Biologia Molecular, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Patrícia PachecoServiço de Infeciologia, Hospital Professor Doutor Fernando da Fonseca, Amadora, Portugal.
Paula ProençaServiço de Infeciologia, Hospital de Faro, Centro Hospitalar Universitário do Algarve, Faro, Portugal.
Paulo RodriguesServiço de Infeciologia, Hospital Beatriz Ângelo, Loures, Portugal.
Raquel PinhoServiço de Medicina, Hospital de Portimão, Centro Hospitalar Universitário do Algarve, Portimão, Portugal.
Raquel TavaresServiço de Infeciologia, Hospital Beatriz Ângelo, Loures, Portugal.
Ricardo Correia de AbreuServiço de Infeciologia, Unidade de Local de Saúde de Matosinhos, Hospital Pedro Hispano, Matosinhos, Portugal.
Rita Côrte-RealServiço de Patologia Clínica, Biologia Molecular, Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal.
Rosário SerrãoServiço de Doenças Infeciosas, Centro Hospitalar Universitário de São João, Porto, Portugal.
Rui Sarmento E CastroServiço de Infeciologia, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal.
Sofia NunesServiço de Infeciologia, Hospital de Aveiro, Centro Hospitalar Baixo Vouga, Aveiro, Portugal.
Telo FariaUnidade Local de Saúde do Baixo Alentejo, Hospital José Joaquim Fernandes, Beja, Portugal.
Teresa BaptistaServiço de Doenças Infeciosas, Hospital de Egas Moniz, Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental, Lisbon, Portugal.
Maria Rosário O MartinsGlobal Health and Tropical Medicine (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Lisbon, Portugal.
Perpétua GomesLaboratório de Biologia Molecular (LMCBM, SPC, CHLO-HEM), Lisbon, Portugal.
Luís MendãoGrupo de Ativistas em Tratamentos (GAT), Lisbon, Portugal.
Daniel SimõesGrupo de Ativistas em Tratamentos (GAT), Lisbon, Portugal.
Ana AbecasisGlobal Health and Tropical Medicine (GHTM), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa (UNL), Lisbon, Portugal.

Funding

No grant is acknowledged in the PubMed record.

6 · The paper itself

Abstract

Objective: To describe and analyze transmitted drug resistance (TDR) between 2014 and 2019 in newly infected patients with HIV-1 in Portugal and to characterize its transmission networks. Methods: Clinical, socioepidemiological, and risk behavior data were collected from 820 newly diagnosed patients in Portugal between September 2014 and December 2019. The sequences obtained from drug resistance testing were used for subtyping, TDR determination, and transmission cluster (TC) analyses. Results: In Portugal, the overall prevalence of TDR between 2014 and 2019 was 11.0%. TDR presented a decreasing trend from 16.7% in 2014 to 9.2% in 2016 (p Conclusion: Our molecular epidemiology approach indicates that the HIV-1 epidemic in Portugal is changing among risk group populations, with heterosexuals showing increasing levels of HIV-1 transmission and TDR. Prevention measures for this subpopulation should be reinforced.

Indexed as

HIV-1newly infected patientsPortugalTDRtransmission clusters

Identifiers

PMID35558119
PMCPMC9090520

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