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ArticleMicrobiology spectrum2022

The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico.

Selene Zárate, Blanca Taboada, José Esteban Muñoz-Medina, Pavel Iša, Alejandro Sanchez-Flores, Celia Boukadida, Alfredo Herrera-Estrella, Nelly Selem Mojica, Mauricio Rosales-Rivera, Bruno Gómez-Gil and 26 more

Abstract read
In one paragraph

Article in Microbiology spectrum, 2022. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 18 papers.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
18citing papers in PubMed
–field-weighted citation impact
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

18 citing papers in PubMed.

  1. Article
  2. Article
  3. Article
  4. COVID-19 mutations: An overview.World journal of methodology · 2024
    Review
  5. Article
  6. Article
  7. Article
  8. Article
  9. Article
  10. Article
  11. Article
  12. Article
  13. Article
  14. Article
  15. Article
  16. Article
  17. Article
  18. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

36 authors.

Selene Zárate *Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Ciudad de México, México.ORCID 0000-0003-1034-204X
Blanca Taboada *Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
José Esteban Muñoz-MedinaCoordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México.
Pavel IšaDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Alejandro Sanchez-FloresUnidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Celia BoukadidaCentro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratoriasgrid.419179.3 Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México.
Alfredo Herrera-EstrellaLaboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Irapuato, México.ORCID 0000-0002-4589-6870
Nelly Selem MojicaCentro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, México.
Mauricio Rosales-RiveraCentro de Investigación en Ciencias, Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México.
Bruno Gómez-GilCentro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Unidad Mazatlám, Mazatlán, México.
Angel Gustavo Salas-LaisLaboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México.
Clara Esperanza Santacruz-TinocoDivisión de Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México.
Héctor Montoya-FuentesCentro de Investigación Biomedica de Occidente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Guadalajara, México.
Julio Elias Alvarado-YaahLaboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México.
Gloria María Molina-SalinasUnidad de Investigación Médica de Yucatán, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mérida, México.
Gloria Elena Espinoza-AyalaCentro de Investigación Biomédica del Noreste, Instituto Mexicano del Seguro Social, Monterrey, México.
José Antonio Enciso-MorenoUnidad de Investigación Biomédica de Zacatecas, Instituto Mexicano del Seguro Social, Zacatecas, Zacatecas, México.
Rosa María Gutiérrez-RíosDepartamento de Microbiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Antonio LozaDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Joaquín Moreno-ContrerasDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Rodrigo García-LópezDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Xaira Rivera-GutierrezDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.
Andreu Comas-GarcíaFacultad de Medicna y Centro de Investigación en Ciencias de la Salud y Biomedicina, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, San Luis Potosí, México.
Rosa María Wong-ChewFacultad de Medicina, Laboratorio de Investigación en Enfermedades Infecciosas, División de Investigación, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México.
Maria-Eugenia Jiménez-CoronaDepartamento de Epidemiología Instituto Nacional de Cardiología Ignacio Chávez, Ciudad de México, México.
Rosa María Del AngelDepartamento de Infectómica y Patogénesis Molecular, Cinvestav, Ciudad de México, México.
Joel Armando Vazquez-PerezLaboratorio de Biología Molecular de Enfermedades Emergentes y EPOC Instituto Nacional de Enfermedades Respiratoriasgrid.419179.3 Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México.
Margarita Matías-FlorentinoCentro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratoriasgrid.419179.3 Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México.
Marissa Pérez-GarcíaCentro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratoriasgrid.419179.3 Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México.
Santiago Ávila-RíosCentro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratoriasgrid.419179.3 Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México.
Hugo G Castelán-SánchezPrograma de Investigadoras e investigadores por México Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Ciudad de México, México.
Luis DelayeDepartamento de Ingeniería Genética, Cinvestav Unidad Irapuato, Guanajuato, México.
León P Martínez-CastillaPrograma de Investigadoras e investigadores por México Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Ciudad de México, México.
Marina Escalera-ZamudioDepartment of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.ORCID 0000-0002-4773-2773
Susana LópezDepartamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.ORCID 0000-0001-6336-9209
Carlos F Arias *Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México.ORCID 0000-0003-3130-4501

Funding

Biotechnology and Biological Sciences Research Council BB/P027849/1
6 · The paper itself

Abstract

During the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, the emergence and rapid increase of the B.1.1.7 (Alpha) lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), first identified in the United Kingdom in September 2020, was well documented in different areas of the world and became a global public health concern because of its increased transmissibility. The B.1.1.7 lineage was first detected in Mexico during December 2020, showing a slow progressive increase in its circulation frequency, which reached its maximum in May 2021 but never became predominant. In this work, we analyzed the patterns of diversity and distribution of this lineage in Mexico using phylogenetic and haplotype network analyses. Despite the reported increase in transmissibility of the B.1.1.7 lineage, in most Mexican states, it did not displace cocirculating lineages, such as B.1.1.519, which dominated the country from February to May 2021. Our results show that the states with the highest prevalence of B.1.1.7 were those at the Mexico-U.S. border. An apparent pattern of dispersion of this lineage from the northern states of Mexico toward the center or the southeast was observed in the largest transmission chains, indicating possible independent introduction events from the United States. However, other entry points cannot be excluded, as shown by multiple introduction events. Local transmission led to a few successful haplotypes with a localized distribution and specific mutations indicating sustained community transmission.

Indexed as

COVID-19SARS-CoV-2Genome, ViralHumansMexicoPhylogenyAlphagenomic surveillanceMexicoSARS-CoV-2

Identifiers

PMID35389245
PMCPMC9045257

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Registered trials

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