Evidence map›Paper›PMID 23632794›Full record

ArticleEuropean journal of human genetics : EJHG2014

Prospective diagnostic analysis of copy number variants using SNP microarrays in individuals with autism spectrum disorders.

Caroline Nava, Boris Keren, Cyril Mignot, Agnès Rastetter, Sandra Chantot-Bastaraud, Anne Faudet, Eric Fonteneau, Claire Amiet, Claudine Laurent, Aurélia Jacquette and 11 more

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In one paragraph

Article in European journal of human genetics : EJHG, 2014. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 44 papers, 2 of them syntheses that pooled it.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
44citing papers in PubMed, 2 pooled it
6.5field-weighted citation impact, top 3% of its field
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

44 citing papers in PubMed, 2 syntheses or guidelines pooled it, 69 citations in OpenAlex.

  1. Pooled it
  2. Pooled it
  3. Article
  4. Article
  5. Article
  6. Review
  7. Review
  8. Article
  9. Article
  10. Review
  11. Article
  12. Nonrandom occurrence of multiple de novo coding variants in a proband indicates the existence of an oligogenic model in autism.Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics · 2020
    Article
  13. Review
  14. Latrophilin's Social Protein Network.Frontiers in neuroscience · 2019
    Review
  15. Article
  16. Recent Advances in the Genetics of Schizophrenia.Molecular neuropsychiatry · 2018
    Review
  17. Article
  18. Article
  19. Article
  20. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

21 authors at 8 institutions in 1 country.

Caroline Nava1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
Boris KerenAP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de cytogénétique, Paris, France.
Cyril Mignot1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
Agnès Rastetter1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France.
Sandra Chantot-BastaraudAP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Génétique et Embryologie Médicales, Paris, France.
Anne FaudetAP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
Eric FonteneauAP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de cytogénétique, Paris, France.
Claire AmietAP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France.
Claudine Laurent1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France.
Aurélia Jacquette1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [3] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
Sandra WhalenAP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
Alexandra Afenjar1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France [5] Centre de Référence des anomalies du développement et syndromes malformatifs, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.
Didier Périsse1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France [2] Centre Diagnostic Autisme, Pitié-Salpêtrière Hôpital, Paris, France.
Diane DoummarAP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France.
Nathalie Dorison1] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [2] Centre de Référence des anomalies du développement et syndromes malformatifs, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.
Marion Leboyer1] INSERM, U955, Créteil, France [2] Université Paris Est, Faculté de médecine, Créteil, France [3] AP-HP, Hôpital H Mondor - A. Chenevier, Pole de Psychiatrie, Créteil, France [4] Fondation FondaMental, Créteil, France.
Jean-Pierre SiffroiAP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Génétique et Embryologie Médicales, Paris, France.
David Cohen1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France [2] Institut des Systèmes Intelligents et Robotiques, CNRS UMR 7222, UPMC-Paris-6, Paris, France.
Alexis Brice1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [5] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de neurogénétique moléculaire et cellulaire, Paris, France.
Delphine Héron1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
Christel Depienne1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [5] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de neurogénétique moléculaire et cellulaire, Paris, France.
Assistance Publique – Hôpitaux de Paris · FRPitié-Salpêtrière Hospital · FRInserm · FRSorbonne Université · FRHôpital Armand-Trousseau · FRInstitut du Cerveau · FRCentre d'Épidémiologie sur les Causes Médicales de Décès · FRFondation FondaMental · FR

Funding

No grant is acknowledged in the PubMed record.

6 · The paper itself

Abstract

Copy number variants (CNVs) have repeatedly been found to cause or predispose to autism spectrum disorders (ASDs). For diagnostic purposes, we screened 194 individuals with ASDs for CNVs using Illumina SNP arrays. In several probands, we also analyzed candidate genes located in inherited deletions to unmask autosomal recessive variants. Three CNVs, a de novo triplication of chromosome 15q11-q12 of paternal origin, a deletion on chromosome 9p24 and a de novo 3q29 deletion, were identified as the cause of the disorder in one individual each. An autosomal recessive cause was considered possible in two patients: a homozygous 1p31.1 deletion encompassing PTGER3 and a deletion of the entire DOCK10 gene associated with a rare hemizygous missense variant. We also identified multiple private or recurrent CNVs, the majority of which were inherited from asymptomatic parents. Although highly penetrant CNVs or variants inherited in an autosomal recessive manner were detected in rare cases, our results mainly support the hypothesis that most CNVs contribute to ASDs in association with other CNVs or point variants located elsewhere in the genome. Identification of these genetic interactions in individuals with ASDs constitutes a formidable challenge.

Indexed as

AdolescentChildChild Development Disorders, PervasiveChild, PreschoolChromosomes, Human, Pair 15Chromosomes, Human, Pair 5Comparative Genomic HybridizationCri-du-Chat SyndromeDNA Copy Number VariationsDNA MethylationFemaleGenetic Association StudiesGenotypeHumansInfantMale

Identifiers

PMID23632794
PMCPMC3865413
OpenAlexW2101402077

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